โชกุน 2 มีรูปแบบการเล่นของเกมวางแผนเทิร์นเบส (turn-based) และยุทธวิธีเรียลไทม์ อันเป็นส่วนสำคัญของซีรีส์โททัลวอร์ ผู้เล่นรับบทเป็นทั้งผู้นำตระกูลและแม่ทัพ สับเปลี่ยนกันระหว่างการเล่นในโหมดการทัพ (campaign) ซึ่งผู้เล่นจะบริหารแผ่นดินและกองทัพแต่ละเทิร์น และฉากยุทธการ ซึ่งผู้เล่นจะควบคุมกองทัพบนสนามรบแบบเรียลไทม์

ในฉากแผนที่ ผู้เล่นจะต้องดูแลพัฒนาการของเมือง การผลิตทหาร การเติบโตทางเศรษฐกิจและการพัฒนาเทคโนโลยี กองทัพและยูนิตจะถูกจัดและเคลื่อนที่ไปยังที่ต่าง ๆ ในฉากแผนที่ โดยผู้เล่นจะทำการรบกับตระกูลอื่น นอกเหนือไปจากการสู้รบแล้ว ผู้เล่นยังสามารถดำเนินการทางการทูต อุบายทางการเมืองและเจ้าหน้าที่พิเศษเพื่อชิงความได้เปรียบ นินจาและเกอิชายังได้ปรากฏในเกมโดยเป็นมือสังหารและสายลับ

มีแปดตระกูลในญี่ปุ่นซึ่งผู้เล่นเลือกเล่นได้ ตระกูลทั้งหมดมีข้อได้เปรียบในแง่หนึ่ง ๆ เพื่อที่จะให้แต่ละตระกูลมีรูปแบบการเล่นแตกต่างกันไป ตระกูลโจโซคาเบะ (Chosokabe) เริ่มที่แคว้นโทสะ (Tosa) และสามารถสร้างยูนิตทหารราบยิงธนูเหนือกว่าตระกูลอื่น ตระกูลดาเตะ (Date) เริ่มที่แคว้นอิวาเตะ (Iwate) และสามารถสร้างยูนิตซามูไรถือดาบโนะดะชิ (no-dachi) เหนือกว่าตระกูลอื่น ตระกูลโฮโจ (Hojo) เป็นผู้สร้างที่เก่งกาจและเริ่มที่แคว้นอิสึ (Izu) ตระกูลโมริ (Mori) มีประวัติศาสตร์ชำนาญทะเลมาช้านาน โดยเริ่มที่แคว้นอาคิ (Aki) ตระกูลโอดะ (Oda) เป็นผู้ปกครองที่มีความสามารถในการใช้งานอะชิงะรุ (ashigaru) ที่มีประสิทธิภาพ และเริ่มที่แคว้นโอวาริ (Owari) ตระกูลชิมะสึเริ่มที่แคว้นซัตสึมะ (Satsuma) และสามารถสร้างยูนิตซามูไรที่ถือคาตานะเหนือกว่าตระกูลอื่น ตระกูลทาเคดะ (Takeda) เริ่มที่แคว้นคาอิ (Kai) และสามารถสร้างทหารม้าที่เหนือกว่าตระกูลอื่นและเสียค่าบำรุงน้อยกว่า ตระกูลโทะกุงะวะ (Tokugawa) มีความสัมพันธ์ทางการทูตดีกว่าตระกูลอื่นและสามารถสร้างนักรบนินจาได้ดีกว่า เริ่มที่แคว้นมิคาวะ (Mikawa) ตระกูลอุเอสึงิ (Uesugi) เริ่มที่แคว้นเอจิโกะ (Echigo) และมีความพิเศษในศาสนาพุทธ โดยสามารถสร้างและรักษาพระนักรบได้ง่ายกว่าตระกูลอื่น

ใน โชกุนสอง ไดเมียวและแม่ทัพจะมีลักษณะเฉพาะเหมือนเดิม แต่ที่เหนือกว่าเดิมก็คือจะมีค่าประสบการณ์อย่างชัดเจน มีลักษณะเฉพาะ รวมถึงมีค่าความจงรักภัคดี

ส่วนการต่อสู้นั้นแผนที่ในการสู้รบจะใหญ่ขึ้น แต่การรบทางบกกับทางน้ำยังแยกออกจากกันอยู่ ทีมพัฒนาเกมได้เน้นการวางทหารในตำแหน่งที่เสถียรกว่าเดิมรวมถึงการรบทางน้ำที่สมจริงยิ่งขึ้นกว่าภาคนโปเลียน ระบบป้อมปราการจะเป็นปราสาทญี่ปุ่นซึ่งจะมีการขยายออกเป็นชั้นๆ แทนการสร้างปราสาทแบบยุโรปและป้อมปราการ การรบทางน้ำจะเน้นการบอร์ดเรือมากขึ้น มีการยิงธนูใส่เรือ

ลูกเล่นพิเศษประจำภาคนี้คือสามารถเล่นแบบหลายคนพร้อมกันถึงแปดคน[3] ในระบบเล่นหลายคนนั้นผู้เล่นสามารถเล่นเป็นแคว้นใดก็ได้ ในแต่ละแคว้นก็จะมีขุนพลให้เลือกไม่เหมือนกัน รวมถึงยูนิตก็จะเป็นยูนิตตามฝ่ายนั้นๆ การเล่นแบบหลายคนนอกจากนี้ยังจะมีโหมดเล่นเฉพาะสำหรับผู้ที่ไม่ชอบเล่นแบบคลาสสิกเหมือนแต่ก่อน เช่น การเล่นแบบแคมเปญแมพหลายคน ซึ่งจะมีแผนที่ไม่เหมือนกัน และสามารถขยายแผนที่ในเกมส์ให้เต็มญี่ปุ่น[4]